由于定位于WS工作站級主板而非頂級游戲系列，華碩Z7S WS和Skulltrail的設計理念有些區別，雖然同樣使用Intel 5400芯片組，支持雙路LGA 771處理器，但Z7S WS沒有使用NVIDIA的MCP芯片，因此無法對SLI提供支持，僅能實現Crossfire。另外，它和D5400XS的區別還包括，擁有六條FB-DIMM內存插槽（D5400XS為4條），三條PCI-E x16插槽，兩條為PCI-E 2.0 x16，一條為PCI-E 1.1并且僅有8x帶寬。另外，它的擴展槽還包括一條PCI-E x1，一條PCI-X和一條PCI 2.2，用來支持工作站專業及應用。

華碩Z7S WS的散熱系統也經過了華碩的特別設計，專門為內存插槽提供了主動散熱系統。另外，其CPU散熱設計僅能支持Xeon處理器專用的LGA 771散熱器，而不能像Intel X5400XS主板一樣支持普通LGA 775散熱器。

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