終端虛擬化使用的技術如虛擬桌面基礎結構（VDI）近年來引起了人們的關注，因為組織希望對終端實現集中管理并實施安全措施，同時減少對硬件的依賴。但存儲是VDI部署的一個重要的限制，因為每個終端基本上都部署為一個虛擬機（VM）。

重復數據刪除成了VDI中一個引人注目的好處，因為其顯著降低了存儲，極大地擴展了托管在每個服務器的桌面鏡像數量，同時降低了企業級VDI部署所需的服務器數量。

傳統的重復數據刪除因為要打開/激活文檔，因此不適合VDI。Windows Server 2012 R2通過添加支持VDI VM專門解決了這個問題。重復數據刪除技術仍然是周期性的工作，所以即使VDI文件不斷變化，每個虛擬硬盤會有部分文件比制定的重復數據刪除天數存在的時間長。

VDI重復刪除技術需要一些實現條件。首先，VDI實例必須存儲在自身Hyper-V主機以外的系統。這種隔離能有效防止重復數據刪除進程損害VDI性能。

Hyper-V或VDI的工作方式不需要改變，只是VDI實例必須存儲在不同的Windows Server 2012 R2文件服務器上。其次，存儲之間必須使用服務器消息塊3.0（SMB 3.0）協議，另外建議使用擴展文件服務器或集群共享卷實現VDI部署的可擴展性和高可用性。

然而，高水平的壓縮與重復數據刪除也可以實現部署高性能的存儲層，如固態磁盤驅動器等。結合高I/O有效存儲可在每個虛擬終端獲得更好的VM性能。