iOS 9.1 是個頗為穩定的版本，至少初初推出時的印象是這樣，現在推出接近兩星期，一些頗為嚴重的問題開始浮現。其中兩大問題，正在困擾為數不少的用戶。

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***個問題是連接App Store，受影響的用戶不能存取App Store、不能更新apps、不能找回下載記錄。就算注銷再登入Apple ID，依然未能修復。部分不幸的用戶，問題更超越App Store，而是所有用Apple ID 登入的功能都受影響例如Game Center 和Apple Music。

第二個不少用戶都遇到的重大問題是Touch ID。有些裝置的Touch ID 辨識速度變得很慢，或者變得不穩定，最嚴重的是完全沒反應。部分用戶強制重啟后能暫時修復，但再過一陣子問題又再發生。

之前只要由iOS 9.1 降回iOS 9.0.2 就能修正以上兩個問題，可是現在Apple 已經暫停認證iOS 9.0.2。由于頗多人都受影響，外國大型傳媒Forbes 甚至直接聯絡Apple，不過Apple 暫時不回應。