依托Force10公司高速運算平臺,華大基因引跑亞洲基因科學研究
2007年10月全球首張黃種人全基因序列圖譜“炎黃一號”順利繪制完成,測序數據總量達到1177億堿基對,基因組平均測序深度達到36倍,有效覆蓋率高達99.97%,變異檢測精度達99.9%以上。2008年10月,大熊貓“晶晶”基因組序列圖譜成功測序,該基因組由24億DNA堿基對組成,約含2.1萬個蛋白編碼基因。2008年11月6日,首個亞洲人基因序列的研究成果發布,宣布炎黃計劃參照基因測序的完成。這是繼DNA之父James Watson和 測序先驅J. Craig Venter之后所進行的第三例人類個人基因測序。
在過去的三年中,致力于公益性研究的深圳華大基因研究院,在深圳市政府、鹽田區政府及企業的共同支持下,以“探索基因組科學的新型發展道路,引跑亞洲基因組科學發展”為使命,成功完成了多個基因科學重大項目的實施和研究,促進了醫學健康產業和現代農業產業的快速發展。
深圳華大基因研究院由中國科學院北京基因組研究所及北京、杭州華大基因研究中心為主體共同組成,在基因科學研究的道路上,除上述重要成果之外,還于2009年4月啟動“世界三極動物基因組計劃”,2009年8月啟動“萬種微生物基因組計劃”,2009年12月與國家農業部和深圳市人民政府共建“基因組學農業部重點實驗室”…… 這些研究工作所取得的技術成就,不僅為中國和世界基因組科學的發展做出了突出貢獻,同時也奠定了中國基因組科學在國際上的領先地位。
基因序列測定工作精確而繁復
眾所周知,基因序列測定需要進行大量的計算和對比工作,盡管核酸序列測定方法越來越成熟、簡便并且可以通過自動化設備完成,但事實上,對于一個片段較長、序列未知的待測核酸而言,仍然是一件耗時且繁瑣的工作。對于一個待測 DNA分子,要制定一個能夠簡捷準確的測定方案,需要實時傳輸的數據量非常大,要求服務器、存儲和網絡系統具備高性能、低延時、高穩定性的特點。并且,要求交換機端口密度較高,可同時連接多個服務器。為此,華大基因選擇了Force10公司的S2410、S50、C300、以及C150交換機組建了高性能的計算網絡環境,并首先在深圳研究所投入運行。
可靠的高性能端到端網絡解決方案
基于此種需求,Force10為華大基因提供了S系列以及C系列的四款產品。旨在為中等規模數據中心和企業局域網提供具有更高可靠性的Force10的C系列產品,其模塊化Force10操作系統(FTOS)軟件則提供了內在的穩定性,避免了計劃外的網絡停機,并通過冗余部件和熱插拔技術提供全面的硬件彈性,從而最大程度地保證了網絡的正常運行時間。
為了給華大基因IT管理人員提供更有效的網絡控制能力,Force10 C300還提供了一整套提高可管理性、服務能力以及可視性的工具和功能,而模塊化的FTOS包括了業界標準的命令行界面(CLI),使管理人員簡化管理并可充分利用其已擁有的網絡知識進行操作。C150還可充分運行 FTOS,為 IT 與數據中心管理人員提供實現網絡運行時間最大化所需的工具。
而S系列產品由小尺寸Gigabit 和10 Gigabit 以太網交換機組成,專為企業和服務供應商設計,以滿足這些客戶的特殊要求。其高彈性、高密度的性能特征,為數據中心、儲存或計算設施配備線速率GbE 和10 GbE機架交換機,滿足 VoIP 和無線連接的核心彈性和高可用性要求的 PoE 配線柜。該系列產品為華大基因的序列測定計算提供擴展、高性能端到端網絡解決方案。其中,S2410同時擁有24 端口固定配置,1 RU 數據中心交換機 超低萬兆交換時延 ,其吞吐時延僅為 300 納秒。毋庸置疑,
Force10 S系列以及C系列的四款產品的高性能、低功耗、以及出色的穩定性,為基因測序的計算工作提供了有力的技術保障。
完善的技術服務 堅實的設備后盾
“在眾多的競爭品牌中,我們選擇了Force10,經過實踐應用,我們對Force10的技術和服務表示肯定和滿意。”深圳華大基因研究院計算平臺負責人方林說,“其產品在高性能、低延時、高穩定性等方面的出色表現,確實為基因序列測定中的計算與比對工作提供了有力的保障,可以說,在這之后的許多大型基因測序項目能夠得以順利進行,與Force10設備的高速運行以及較高穩的定性密不可分。”
目前,Force10的幾款S系列以及C系列產品,已經獲得客戶認可,并因此而被擴展應用到北京和香港的研究所中,為華大基因研究所的復雜而嚴密的基因測序工作帶來了可擴展的、可靠的、無擁堵、低功耗的性能支持。而華大基因也正在利用其所需技術,依靠完善的設備力量,雄厚的科研背景和優秀的人才隊伍,為廣大生物學相關領域科研工作者和研發機構提供基因與蛋白質相關研究的優秀解決方案,在不斷深化科研水平和能力的前提下加快技術向市場轉化的步伐,力爭最大限度地將先進的科研技術和成果服務于社會。
Force10 Networks、Force10、E-Series、Traverse、TraverseEdge和Adit 是 Force10 Networks, Inc. 的注冊商標,ExaScale、S-Series、TeraScale、FTOS、MASTERseries和Axxius是 Force10 Networks, Inc. 的商標。其他所有公司名稱是其各自所有者的商標。
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