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基因組測(cè)序的幕后推手 戴爾HPC破冰“精準(zhǔn)醫(yī)療”

企業(yè)動(dòng)態(tài)
基因組數(shù)據(jù)分析是生命科學(xué)研究中一項(xiàng)極有可能改變未來(lái)世界的技術(shù)。戴爾聯(lián)手SAP推出SAP HANA解決方案, 將基因組測(cè)序時(shí)間由此前的4天縮短為4個(gè)小時(shí),在為病患者奪得寶貴治療時(shí)間的同時(shí),也加速了這項(xiàng)技術(shù)走向大眾。

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地球人類文明發(fā)展的歷史其實(shí)就是一部新技術(shù)與新工具運(yùn)用的發(fā)展史。不是嗎?長(zhǎng)矛的運(yùn)用讓人類擁有了更充足的食物,火的應(yīng)用使人類告別了茹毛飲血的原始時(shí)代,蒸汽機(jī)的發(fā)明拉開了工業(yè)革命的帷幕,汽車的出現(xiàn)則加速了人類社會(huì)發(fā)展的步伐......

對(duì)于人類健康而言,基因組數(shù)據(jù)分析是生命科學(xué)研究中一項(xiàng)極有可能改變未來(lái)世界的技術(shù),其所帶來(lái)的價(jià)值不可估量。而HPC作為一種關(guān)鍵工具在其中扮演了不可或缺的角色。

不久前,由戴爾聯(lián)手SAP推出的SAP HANA解決方案可以有效將基因組測(cè)序時(shí)間由此前的4天縮短為4個(gè)小時(shí),在為病患者奪得寶貴治療時(shí)間的同時(shí),也讓這項(xiàng)技術(shù)加速走向大眾百姓。

在某種意義上來(lái)說(shuō),戴爾HPC在技術(shù)發(fā)展上的“一小步”,推動(dòng)了人類健康發(fā)展的“一大步”。

 

從“數(shù)天”到“數(shù)小時(shí)”

戴爾HPC助基因組數(shù)據(jù)分析能力提升

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對(duì)于人類健康而言,利用高性能計(jì)算和大數(shù)據(jù)技術(shù)的強(qiáng)大數(shù)據(jù)處理能力,對(duì)于人類基因組進(jìn)行測(cè)序和數(shù)據(jù)分析所帶來(lái)的價(jià)值不可估量。例如,僅通過(guò)對(duì)血液或唾液來(lái)分析測(cè)定一個(gè)人的基因全序列,從而對(duì)其身體先天飲酒量如何、是否具有運(yùn)動(dòng)天賦、未來(lái)患上癌癥或白血病的幾率有多大等給出準(zhǔn)確判斷。同時(shí),由于能夠做到預(yù)判,因此也能夠?yàn)槠涮崆敖o出個(gè)性化、精準(zhǔn)的預(yù)防和疾病治療方案。

愿景雖然美好,但這項(xiàng)技術(shù)若要發(fā)展和造福大眾百姓,則面臨了計(jì)算能力不足的限制瓶頸問(wèn)題。據(jù)悉,一個(gè)人的完全測(cè)序的基因組包含了100-1000GB的數(shù)據(jù)量。而一百萬(wàn)人的基因組數(shù)據(jù)量合計(jì)將達(dá)1EB(1000000TB)的數(shù)據(jù)量。要對(duì)這么龐大的數(shù)據(jù)量進(jìn)行分析比對(duì),則對(duì)于運(yùn)算設(shè)備的計(jì)算能力提出了極大的挑戰(zhàn)。

在研究初期階段,由于受制于運(yùn)算能力瓶頸的限制,進(jìn)行如此數(shù)量級(jí)的數(shù)據(jù)處理工作大概需要13年的時(shí)間。在后來(lái)多年的發(fā)展中,隨著運(yùn)算技術(shù)及能力的不斷提升,人類基因組數(shù)據(jù)分析所需時(shí)間已從“數(shù)年”縮短為“數(shù)天”。

盡管速度提升驚人,但從應(yīng)用的角度出發(fā),動(dòng)輒幾天的時(shí)間,再加上高昂的成本費(fèi)用,使得這項(xiàng)技術(shù)還停留于少數(shù)“貴族”群體享用的階段,其離普通大眾需求還存在相當(dāng)遠(yuǎn)的距離。

戴爾HPC對(duì)于生命科學(xué)的研究與關(guān)注有著長(zhǎng)期的積累,在中國(guó)可以追溯到與深圳華大基因的合作上。深圳華大基因研究院作為中國(guó)的基因研究機(jī)構(gòu),其基因組分析能力處于世界領(lǐng)先水平,曾先后參與完成國(guó)際人類基因組計(jì)劃的“中國(guó)部分”。華大基因應(yīng)用于基因研究的的高性能計(jì)算集群正是過(guò)去引入戴爾M605服務(wù)器而打造的。

前不久,由戴爾聯(lián)手SAP等合作伙伴研發(fā)的基于戴爾HPC的SAP HANA解決方案,為基因組數(shù)據(jù)分析時(shí)間瓶頸的打破帶來(lái)了希望。據(jù)負(fù)責(zé)HPC和SAP HANA解決方案的戴爾主管介紹,這套戴爾融合基礎(chǔ)設(shè)施可以使每個(gè)病患者的基因測(cè)序時(shí)間從之前的4天縮短為4個(gè)小時(shí),在基因組數(shù)據(jù)分析速度上再次實(shí)現(xiàn)大幅提升。

 

戴爾HPC SAP HANA解決方案

技術(shù)“一小步”,健康“一大步”

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在今年2月底于美國(guó)拉斯維加斯舉辦的HIMSS16上,戴爾聯(lián)合SAP等合作伙伴展示了基于戴爾HPC的SAP HANA解決方案。據(jù)悉,該方案是專為醫(yī)療專業(yè)人士增強(qiáng)對(duì)患者護(hù)理的新方式。借助顯示設(shè)備,其通過(guò)向?qū)I(yè)醫(yī)療人員提供及時(shí)、強(qiáng)大的基因組數(shù)據(jù)分析能力,從而可以針對(duì)患者提供個(gè)性化、精準(zhǔn)的藥物和治療方案,大幅提高對(duì)于病患者疾病的治療效果。

這一成果歸功于過(guò)去數(shù)月以來(lái),戴爾攜手SAP、英特爾的共同合作和努力。基于基因組數(shù)據(jù)分析對(duì)于計(jì)算設(shè)備的速度和可靠性提出了更高的需求,戴爾聯(lián)手合作伙伴致力于對(duì)健康基金會(huì)所配套的SAP基礎(chǔ)設(shè)施進(jìn)行優(yōu)化。通過(guò)共同努力,戴爾與合作伙伴們一起開發(fā)了可用于提高基因組數(shù)據(jù)分析速度的全新解決方案。

戴爾推出的解決方案提供了一個(gè)經(jīng)優(yōu)化、預(yù)集成的高性能計(jì)算環(huán)境。其采用了強(qiáng)大的英特爾至強(qiáng)處理器和由戴爾PowerEdge服務(wù)器組成并經(jīng)優(yōu)化的架構(gòu)。基于此融合基礎(chǔ)設(shè)施的SAP HANA解決方案能夠提供一個(gè)靈活、可擴(kuò)展的臨床數(shù)據(jù)倉(cāng)庫(kù)模型,從而可以做到數(shù)據(jù)集成管理和進(jìn)行及時(shí)、快速的大規(guī)模數(shù)據(jù)分析。該解決方案可以讓全球范圍內(nèi)的醫(yī)療機(jī)構(gòu)或生命科學(xué)研究企業(yè)能夠快速、可靠地分析大量的非結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù),從而造福于人類健康。

借助基于戴爾融合基礎(chǔ)設(shè)施SAP HANA解決方案,可全面滿足基因組分析研究需求,讓時(shí)間跨度再次大幅縮短,一個(gè)病患者的基因組測(cè)序及數(shù)據(jù)分析工作從之前的數(shù)天縮短為幾個(gè)小時(shí)就能完成。

具有深遠(yuǎn)意義的是,處理速度的提升在為病患者爭(zhēng)取到更多寶貴的治療時(shí)間的同時(shí),也拉近其與普通大眾醫(yī)療需求的距離,戴爾HPC在技術(shù)發(fā)展上的“一小步”,推動(dòng)了人類健康發(fā)展的“一大步”。

 

聯(lián)手SAP創(chuàng)新HPC應(yīng)用價(jià)值

為用戶構(gòu)建“未來(lái)就緒IT”環(huán)境

所周知,SAP HANA是SAP研發(fā)的新一代內(nèi)存計(jì)算技術(shù),擁有高性能的實(shí)時(shí)計(jì)算能力。戴爾HPC是一款性能強(qiáng)大的硬件設(shè)備,其通過(guò)軟、硬結(jié)合的方式,與SAP合作推出了性能更為強(qiáng)勁的SAP HANA應(yīng)用方案。

該應(yīng)用方案可以提供與數(shù)據(jù)源無(wú)關(guān)的多用途內(nèi)存應(yīng)用方案軟件,這些軟件基于戴爾硬件進(jìn)行優(yōu)化配置,并通過(guò)戴爾全球服務(wù)交付給客戶。人類基因組數(shù)據(jù)分析解決方案的研發(fā)推出正是基于此。

在解決方案的搭建上,戴爾PowerEdge Server R930平臺(tái)作為戴爾SAP HANA解決方案的基礎(chǔ)平臺(tái),在所有配置中統(tǒng)一使用。戴爾PowerEdge R930平臺(tái)與SAP HANA軟件相結(jié)合,使用戶可以在單一系統(tǒng)中執(zhí)行分析、性能管理和操作。同時(shí),這些解決方案還幫助用戶更快速地對(duì)目前影響運(yùn)營(yíng)的事件做出響應(yīng)。

除了在生命科學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用外,十多年來(lái),戴爾與SAP密切協(xié)作,為多個(gè)行業(yè)的客戶提供了數(shù)百種解決方案。戴爾和SAP聯(lián)手提供經(jīng)過(guò)優(yōu)化配置的SAP HANA解決方案,其中包括硬件應(yīng)用方案、預(yù)加載的軟件以及戴爾全方位的服務(wù)。

通過(guò)實(shí)施戴爾的SAP HANA解決方案,組織將能夠通過(guò)識(shí)別和分析各種趨勢(shì)和模式,改善規(guī)劃、預(yù)測(cè)并實(shí)現(xiàn)價(jià)格優(yōu)化。該解決方案可靠且可擴(kuò)展,并能夠提供多種靈活配置,可以滿足企業(yè)用戶面對(duì)未來(lái)的具體業(yè)務(wù)需求。

總結(jié)

在社會(huì)諸多應(yīng)用領(lǐng)域中,生命科學(xué)以及基因研究是一項(xiàng)面向未來(lái)、尖端的科研項(xiàng)目,其對(duì)于HPC的性能和可用性提出了極致的要求。

作為“未來(lái)就緒的IT”理念的倡導(dǎo)者,戴爾HPC通過(guò)攜手SAP創(chuàng)新了高性能計(jì)算和基因組數(shù)據(jù)分析速度的新高度。這一陣地的奪取,在證明其作為強(qiáng)大計(jì)算工具擁有高性能、高可用性等特點(diǎn)的同時(shí),也為其通往更多應(yīng)用領(lǐng)域打開了大門。

 

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與戴爾HPC共畫未來(lái)就緒IT藍(lán)圖

 

責(zé)任編輯:潤(rùn)月 來(lái)源: 51CTO
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