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DeepSeek 3FS 架構分析和思考(上篇)

人工智能
本文帶著讀者深入到了 3FS 系統內部去了解其各個組成部分的關鍵設計。在這個過程中,我們可以看到 3FS 的很多設計都經過了深思熟慮,不可否認這是一個設計優秀的作品。但是,我們也注意到這些設計和目前文件存儲領域的一些主流做法存在差異。

2025 年 2 月28 日,DeepSeek 在其開源周最后一天壓軸發布了自研的并行文件系統 Fire-Flyer File System,簡稱 3FS。該系統支撐了 DeepSeek V3&R1 模型訓練、推理的全流程,在數據預處理、數據集加載、CheckPoint、KVCache 等場景發揮了重要作用。

項目一經發布,就獲得了存儲領域的廣泛關注。大家迫切地想一探究竟,看看 3FS 到底有哪些壓箱底的獨門秘籍。火山引擎文件存儲團隊閱讀和分析了 3FS 的設計文檔和源代碼,總結出這篇文章,在介紹了 3FS 關鍵設計的同時,嘗試從存儲專業的視角挖掘出 3FS 團隊在這些設計背后的考量。

一、3FS 整體架構

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與業界很多分布式文件系統架構類似,3FS 整個系統由四個部分組成,分別是 Cluster Manager、Client、Meta Service、Storage Service。所有組件均接入 RDMA 網絡實現高速互聯,DeepSeek 內部實際使用的是 InfiniBand。

Cluster Manager 是整個集群的中控,承擔節點管理的職責:

  • Cluster Manager 采用多節點熱備的方式解決自身的高可用問題,選主機制復用 Meta Service 依賴的 FoundationDB 實現;
  • Meta Service 和 Storage Service 的所有節點,均通過周期性心跳機制維持在線狀態,一旦這些節點狀態有變化,由 Cluster Manager 負責通知到整個集群;
  • Client 同樣通過心跳向 Cluster Manager 匯報在線狀態,如果失聯,由 Cluster Manager 幫助回收該 Client 上的文件寫打開狀態。

Client 提供兩種客戶端接入方案:

  • FUSE 客戶端 hf3fs_fuse 方便易用,提供了對常見 POSIX 接口的支持,可快速對接各類應用,但性能不是最優的;
  • 原生客戶端 USRBIO 提供的是 SDK 接入方式,應用需要改造代碼才能使用,但性能相比 FUSE 客戶端可提升 3-5 倍。

Meta Service 提供元數據服務,采用存算分離設計:

  • 元數據持久化存儲到 FoundationDB 中,FoundationDB 同時提供事務機制支撐上層實現文件系統目錄樹語義;
  • Meta Service 的節點本身是無狀態、可橫向擴展的,負責將 POSIX 定義的目錄樹操作翻譯成 FoundationDB 的讀寫事務來執行。

Storage Service 提供數據存儲服務,采用存算一體設計:

  • 每個存儲節點管理本地 SSD 存儲資源,提供讀寫能力;
  • 每份數據 3 副本存儲,采用的鏈式復制協議 CRAQ(Chain Replication with Apportioned Queries)提供 write-all-read-any 語義,對讀更友好;
  • 系統將數據進行分塊,盡可能打散到多個節點的 SSD 上進行數據和負載均攤。

二、3FS 架構詳解

1.集群管理

整體架構

一個 3FS 集群可以部署單個或多個管理服務節點 mgmtd。這些 mgmtd 中只有一個主節點,承接所有的集群管理響應訴求,其它均為備節點僅對外提供查詢主的響應。其它角色節點都需要定期向主 mgmtd 匯報心跳保持在線狀態才能提供服務。

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節點管理

每個節點啟動后,需要向主 mgmtd 上報必要的信息建立租約。mgmtd 將收到的節點信息持久化到 FoundationDB 中,以保證切主后這些信息不會丟失。節點信息包括節點 ID、主機名、服務地址、節點類別、節點狀態、最后心跳的時間戳、配置信息、標簽、軟件版本等。

租約建立之后,節點需要向主 mgmtd 周期發送心跳對租約進行續租。租約雙方根據以下規則判斷租約是否有效:

  • 如果節點超過 T 秒(可配置,默認 60s)沒有上報心跳,主 mgmtd 判斷節點租約失效;
  • 如果節點與主 mgmtd 超過 T/2  秒未能續上租約,本節點自動退出。

對于元數據節點和客戶端,租約有效意味著服務是可用的。但對于存儲服務節點,情況要復雜一些。一個存儲節點上會有多個 CRAQ 的 Target,每個 Target 是否可服務的狀態是不一致的,節點可服務不能代表一個 Target 可服務。因此,Target 的服務狀態會進一步細分為以下幾種:

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元數據和存儲節點(包括其上的 Target)的信息,以及下文會描述的 CRAQ 復制鏈表信息,共同組成了集群的路由信息(RoutingInfo)。路由信息由主 mgmtd 廣播到所有的節點,每個節點在需要的時候通過它找到其它節點。

選主機制

mgmtd 的選主機制基于租約和 FoundationDB 讀寫事務實現。租約信息 LeaseInfo 記錄在 FoundationDB 中,包括節點 ID、租約失效時間、軟件版本信息。如果租約有效,節點 ID 記錄的節點即是當前的主。每個 mgmtd 每 10s 執行一次 FoundationDB 讀寫事務進行租約檢查,具體流程如下圖所示。

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上述流程通過以下幾點保證了選主機制的正確性:

  • LeaseInfo 的讀取和寫入在同一個 FoundationDB 讀寫事務里完成,FoundationDB 讀寫事務確保了即使多個 mgmtd 并發進行租約檢查,執行過程也是串行一個一個的,避免了多個 mgmtd 交織處理分別認為自己成為主的情況。
  • 發生切主之后新主會靜默 120s 才提供服務,遠大于租約有效時長 60s,這個時間差可以保證老主上的在飛任務有充足的時間處理完,避免出現新主、老主并發處理的情況。

2.客戶端

整體架構

圖片圖片

3FS 提供了兩種形態的客戶端,FUSE 客戶端 hf3fs_fuse 和原生客戶端 USRBIO:

  • FUSE 客戶端適配門檻較低,開箱即用。在 FUSE 客戶端中,用戶進程每個請求都需要經過內核 VFS、FUSE 轉發給用戶態 FUSE Daemon 進行處理,存在 4 次“內核-用戶態”上下文切換,數據經過 1-2 次拷貝。這些上下文切換和數據拷貝開銷導致 FUSE 客戶端的性能存在瓶頸;
  • USRBIO 是一套用戶態、異步、零拷貝 API,使用時需要業務修改源代碼來適配,使用門檻高。每個讀寫請求直接從用戶進程發送給 FUSE Daemon,消除了上下文切換和數據拷貝開銷,從而實現了極致的性能。

FUSE 客戶端

FUSE 客戶端基于 libfuse lowlevel api 實現,要求 libfuse 3.16.1 及以上版本。和其它業界實現相比,最大的特色是使用了 C++20 協程,其它方面大同小異。本文僅列舉一些實現上值得注意的點:

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USRBIO

基于共享內存 RingBuffer 的通信機制被廣泛應用在高性能存儲、網絡領域,在 DPDK、io_uring 中均有相關實現,一般采用無鎖、零拷貝設計,相比其它通信的機制有明顯的性能提升。3FS 借鑒了這個思路實現了 USRBIO,和原有的 FUSE 實現相比,有以下特點:

  • 整個執行路徑非常精簡,完全在用戶態實現,不再需要陷入內核經過 VFS、FUSE 內核模塊的處理
  • 讀寫數據的 buffer 和 RDMA 打通,整個處理過程沒有拷貝開銷
  • 只加速最關鍵的讀寫操作,其它操作復用 FUSE 現有邏輯,在效率和兼容性之間取得了極佳的平衡。這一點和 GPU Direct Storage 的設計思路有異曲同工之處

USRBIO 的使用說明可以參考 3FS 代碼庫 USRBIO API Reference 文檔:

https://github.com/deepseek-ai/3FS/blob/main/src/lib/api/UsrbIo.md

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在實現上,USRBIO 使用了很多共享內存文件:

1.每個 USRBIO 實例使用一個 Iov 文件和一個 Ior 文件

  • Iov 文件用來作為讀寫數據的 buffer

a.用戶提前規劃好需要使用的總容量

b.文件創建之后 FUSE Daemon 將該其注冊成 RDMA memory buffer,進而實現整個鏈路的零拷貝

  • Ior 文件用來實現 IoRing

a.用戶提前規劃好并發度

b.在整個文件上抽象出了提交隊列和完成隊列,具體布局參考上圖

c.文件的尾部是提交完成隊列的信號量,FUSE Daemon 在處理完 IO 后通過這個信號量通知到用戶進程

2.一個掛載點的所有 USRBIO 共享 3 個 submit sem 文件

  • 這三個文件作為 IO 提交事件的信號量(submit sem),每一個文件代表一個優先級
  • 一旦某個 USRBIO 實例有 IO 需要提交,會通過該信號量通知到 FUSE Daemon

3.所有的共享內存文件在掛載點 3fs-virt/iovs/ 目錄下均建有 symlink,指向 /dev/shm 下的對應文件

Iov、Ior 共享內存文件通過 symlink 注冊給 FUSE Daemon,這也是 3FS FUSE 實現上有意思的一個點,下一章節還會有進一步的描述。

symlink 黑魔法

通常一個文件系統如果想實現一些非標能力,在 ioctl 接口上集成是一個相對標準的做法。3FS 里除了使用了這種方式外,對于 USRBIO、遞歸刪除目錄、禁用回收站的 rename、修改 conf 等功能,采用了集成到 symlink 接口的非常規做法。

3FS 采用這種做法可能基于兩個原因:

  • ioctl 需要提供專門的工具或寫代碼來使用,但 symlink 只要有掛載點就可以直接用。
  • 和其它接口相比,symlink 相對低頻、可傳遞的參數更多。

symlink 的完整處理邏輯如下:

  1. 當目標目錄為掛載點 3fs-virt 下的 rm-rf、iovs、set-conf 目錄時:
  1. rm-rf:將 link 路徑遞歸刪除,請求發送給元數據服務處理;
  2. iovs:建 Iov 或者 Ior,根據 target 文件后綴判定是否 ior;
  3. set-conf:設置 config 為 target 文件中的配置。
  1. 當 link 路徑以 mv: 開頭,rename 緊跟其后的 link 文件路徑到 target 路徑,禁用回收站。
  2. 其它 symlink 請求 Meta Service 進行處理。

FFRecord

3FS 沒有對小文件做調優,直接存取大量小文件性能會比較差。為了彌補這個短板,3FS 專門設計了 FFRecord (Fire Flyer Record)文件格式來充分發揮系統的大 IO 讀寫能力。

FFRecord 文件格式具有以下特點:

  1. 合并多個小文件,減少了訓練時打開大量小文件的開銷;
  2. 支持隨機批量讀取,提升讀取速度;
  3. 包含數據校驗,保證讀取的數據完整可靠。

以下是 FFRecord 文件格式的存儲 layout:

圖片圖片

在 FFRecord 文件格式中,每一條樣本的數據會做序列化按順序寫入,同時文件頭部包含了每一條樣本在文件中的偏移量和 crc32 校驗和,方便做隨機讀取和數據校驗。

3.存儲服務

整體架構

3FS 面向高吞吐能力而設計,系統吞吐能力跟隨 SSD 和網絡帶寬線性擴展,即使發生個別 SSD 介質故障,也能依然提供很高的吞吐能力。3FS 采用分攤查詢的鏈式復制 CRAQ 來保證數據可靠性,CRAQ 的 write-all-read-any 特性對重讀場景非常友好。

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每個數據節點通過 Ext4 或者 XFS 文件系統管理其上的多塊 NVME DISK,對內部模塊提供標準的 POSIX 文件接口。數據節點包含幾個關鍵模塊:Chunk Engine 提供 chunk 分配管理;MetaStore 負責記錄分配管理信息,并持久化到 RocksDB 中;主 IO handle 提供正常的讀寫操作。各個數據節點間組成不同的鏈式復制組,節點之間有復制鏈間寫 IO、數據恢復 sync 寫 IO。

CRAQ

鏈式復制是將多個數據節點組成一條鏈 chain,寫從鏈首開始,傳播到鏈尾,鏈尾寫完后,逐級向前發送確認信息。標準 CRAQ 的讀全部由鏈尾處理,因為尾部才是完全寫完的數據。

多條鏈組成 chain table,存放在元數據節點,Client 和數據節點通過心跳,從元數據節點獲取 chain table 并緩存。一個集群可有多個 chain table,用于隔離故障域,以及隔離不同類型(例如離線或在線)的任務。

3FS 的寫采用全鏈路 RDMA,鏈的后繼節點采用單邊 RDMA 從前序節點讀取數據,相比前序節點通過 RDMA 發送數據,少了數據切包等操作,性能更高。而 3FS 的讀,可以向多個數據節點同時發送讀請求,數據節點通過比較 commit version 和 update version 來讀取已經提交數據,多節點的讀相比標準 CRAQ 的尾節點讀,顯著提高吞吐。

1)數據打散

傳統的鏈式復制以固定的節點形成 chain table。如圖所示節點 NodeA 只與 NodeB、C 節點形成 chain。若NodeA 故障,只能 NodeB 和 C 分擔讀壓力。

3FS 采用了分攤式的打散方法,一個 Node 承擔多個 chain,多個 chain 的數據在集群內多個節點進行數據均攤。如圖所示,節點 NodeA 可與 Node B-F 節點組成多個chain。若 NodeA 產生故障,NodeB-F 更多節點分擔讀壓力,從而可以避免 NodeA 節點故障的情況下,產生節點讀瓶頸。

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2)文件創建流程

  • 步驟 1:分配 FoundationDB 讀寫事務;
  • 步驟 2:事務內寫目標文件的 dentry、inode;創建文件是繼承父目錄 layout,根據 stripe size 選取多條 chain,并記錄在 inode 中;寫打開創建場景,還會寫入對應 file session;
  • 步驟 3:事務內將父目錄inode、 目標 dentry 加入讀沖突列表。保證父目錄未被刪除,及檢查目標文件已存在場景;
  • 步驟 4:提交讀寫事務。

3)讀寫流程

寫數據流程:

  • 步驟 1:Client 獲取數據的目標 chain,并向 chain 首節點 NodeA 發送寫請求;
  • 步驟 2:NodeA 檢查 chain version 并鎖住 chunk,保證對同一 chunk 的串行寫,再用單邊 RDMA 從 client 讀取數據,寫入本地 chunk,記錄 updateVer;
  • 步驟 3:NodeA 將寫請求傳播到 NodeB 和 NodeC,NodeB 和 NodeC 處理邏輯和NodeA相同;
  • 步驟 4:chain 尾節點 NodeC 寫完數據后,將回復傳播到 NodeB,NodeB 更新 commitVer 為 updateVer;
  • 步驟 5:NodeB 將回復傳播到 NodeA,NodeA處理同NodeB;
  • 步驟 6:NodeA 回復 Client 寫完成。

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讀數據流程:

  • 步驟1:Client 獲取數據所在的 chain,并向 chain 某個節點 NodeX 發讀請求;
  • 步驟2:NodeX 檢查本地 commitVer 和 updateVer 是否相等;

a.步驟 2.1:如果不等,說明有其它 flying 的寫請求,通知 Client 重試;

b.步驟 2.2:如果相等,則從本地 chunk 讀取數據,并通過 RDMA 寫給 Client;

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文件布局

一個文件在創建時,會按照父目錄配置的 layout 規則,包括 chain table 以及 stripe size,從對應的 chain table中選擇多個 chain 來存儲和并行寫入文件數據。chain range 的信息會記錄到 inode 元數據中,包括起始 chain id 以及 seed 信息(用來做隨機打散)等。在這個基礎之上,文件數據被進一步按照父目錄 layout 中配置的 chunk size 均分成固定大小的 chunk(官方推薦 64KB、512KB、4MB 3 個設置,默認 512KB),每個 chunk 根據 index 被分配到文件的一個 chain上,chunk id 由 inode id + track + chunk index 構成。當前 track 始終為 0,猜測是預留給未來實現 chain 動態擴展用的。

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訪問數據時用戶只需要訪問 Meta Service 一次獲得 chain 信息和文件長度,之后根據讀寫的字節范圍就可以計算出由哪些 chain 進行處理。

假設一個文件的 chunk size 是 512KB,stripe size 是200,對應的會從 chain table 里分配 200 個 chain 用來存儲這個文件的所有 chunk。在文件寫滿 100MB(512KB * 200)之前,其實并不是所有的 chain 都會有 chunk 存儲。在一些需要和 Storage Service 交互的操作中,比如計算文件長度(需要獲得所有chain上最后一個chunk的長度)、或者 Trucate 操作,需要向所有潛在可能存放 chunk 的 Storage Service 發起請求。但是對不滿 100MB(不滿stripe size個chunk)的小文件來說,向 200 個 chain 的 Storage Service 都發起網絡請求無疑帶來無謂的延時增加。

為了優化這種場景,3FS 引入了 Dynamic Stripe Size 的機制。這個的作用就是維護了一個可能存放有 chunk 的chain數量,這個值類似 C++ vector 的擴容策略,每次 x2 來擴容,在達到 stripe size 之后就不再擴了。這個值的作用是針對小文件,縮小存放有這個文件數據的 chain 范圍,減少需要和 Storage Service 通信的數量。

通過固定切分 chunk 的方式,能夠有效的規避數據讀寫過程中與 Meta Service 的交互次數,降低元數據服務的壓力,但是也引入另外一個弊端,即對寫容錯不夠友好,當前寫入過程中,如果一個 chunk 寫失敗,是不支持切下一個 chunk 繼續寫入的,只能在失敗的 chunk 上反復重試直到成功或者超時失敗。

單機引擎

Chunk Engine 由 chunk data file、Allocator、LevelDB/RocksDB 組成。其中 chunk data file 為數據文件;Allocator 負責 chunk 分配;LevelDB/RocksDB 主要記錄本地元數據信息,默認使用 LevelDB。

為確保查詢性能高效,內存中全量保留一份元數據,同時提供線程級安全的訪問機制,API 包括:

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Chunk

Chunk 大小范圍 64KiB-64MiB,按照 2 的冪次遞增,共 11 種,Allocator 會選擇最接近實際空間大小的物理塊進行分配。

對于每種物理塊大小,以 256 個物理塊組成一個 Resource Pool,通過 Bitmap 標識空間狀態,為 0 代表空閑可回收狀態,分配的時候優先分配空閑可回收的物理塊。

寫入流程

  1. 修改寫:采用 COW 的方式,Allocator優先分配新的物理塊,系統讀取已經存在的 Chunk Data 到內存,然后填充 update 數據,拼裝完成后寫入新分配的物理塊;
  2. 尾部 Append 寫:數據直接寫入已存在 block,會新生成一份元數據包括新寫入的 location 信息和已經存在的 chunk meta 信息,原子性寫入到 LevelDB 或 RocksDB 中,以避免覆蓋寫帶來的寫放大。

數據恢復

存儲服務崩潰、重啟、介質故障,對應的存儲 Target 不參與數據寫操作,會被移動到 chain 的末尾。當服務重新啟動的時候,offline 節點上對應存儲 Target的數據為老數據,需要與正常節點的數據進行補齊,才能保證數據一致性。offline 的節點周期性的從 cluster manager 拉取最新的 chain table 信息,直到該節點上所有的存儲Target 在 chain table 中都被標記為 offline 以后,才開始發送心跳。這樣可以保證該節點上的所有存儲 Target 各自獨立進入恢復流程。數據恢復采用了一種 full-chunk-replace 寫的方式,支持邊寫邊恢復,即上游節點發現下游的 offline 節點恢復,開始通過鏈式復制把寫請求轉發給下游節點,此時,哪怕 Client 只是寫了部分數據,也會直接把完整的 chunk 復制給下游,實現 chunk 數據的恢復。

數據恢復過程整體分成為兩個大步驟:Fetch Remote Meta、Sync Data。其中 Local node代表前繼正常節點,Remote node為恢復節點。

1)數據恢復流程

  • 步驟 1:Local Node 向 Remote Node 發起 meta 獲取,Remote Node 讀取本地 meta;
  • 步驟 2:Remote Node 向 Local Node 返回元數據信息,Local Node 比對數據差異;
  • 步驟 3:若數據有差異,Local Node 讀取本地 chunk 數據到內存;
  • 步驟 4:Remote Node 單邊讀取 Local Node chunk 內存數據;
  • 步驟 5:Remote Node 申請新 chunk,并把數據寫入新 chunk。

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2)Sync Data 原則

  • 如果 chunk Local Node 存在 Remote Node 不存在,需要同步;
  • 如果 Remote Node 存在 Local Node不存在,需要刪除;
  • 如果 Local Node 的 chain version 大于Remote Node,需要同步;
  • 如果 Local Node 和Remote Node chain version 一樣大,但是 commit version 不同,需要同步;
  • 其他情況,包括完全相同的數據,或者正在寫入的請求數據,不需要同步。

3.元數據服務

整體架構

業界基于分布式高性能 KV 存儲系統,構建大規模文件系統元數據組件已成共識,如 Google Colossus、Microsoft ADLS 等。3FS 元數據服務使用相同設計思路,底層基于支持事務的分布式 KV 存儲系統,上層元數據代理負責對外提供 POSIX 語義接口。總體來說,支持了大部分 POSIX 接口,并提供通用元數據處理能力:inode、dentry 元數據管理,支持按目錄繼承 chain 策略、后臺數據 GC 等特性。

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3FS 選擇使用 FoundationDB 作為底層的 KV 存儲系統。FoundationDB 是一個具有事務語義的分布式 KV 存儲,提供了 NoSQL 的高擴展,高可用和靈活性,同時保證了serializable 的強 ACID 語義。該架構簡化了元數據整體設計,將可靠性、擴展性等分布式系統通用能力下沉到分布式 KV 存儲,Meta Service 節點只是充當文件存儲元數據的 Proxy,負責語義解析。

利用 FoundationDB SSI 隔離級別的事務能力,目錄樹操作串行化,沖突處理、一致性問題等都交由 FoundationDB 解決。Meta Service 只用在事務內實現元數據操作語義到 KV 操作的轉換,降低了語義實現復雜度。

存算分離架構下,各 MetaData Service 節點無狀態,Client 請求可打到任意節點。但 Metadata Service 內部有通過 inode id hash,保證同目錄下創建、同一文件更新等請求轉發到固定元數據節點上攢 Batch,以減少事務沖突,提升吞吐。計算、存儲具備獨立 scale-out 能力。

數據模型

Metadata Service 采用 inode 和 dentry 分離的設計思路,兩種數據結構有不同的 schema 定義。具體實現時,采用了“將主鍵編碼成 key,并添加不同前綴”的方式模擬出兩張邏輯表,除主鍵外的其它的字段存放到 value 中。

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語義實現

在定義好的 inode、entry 結構之上,如何通過 FoundationDB 的讀寫事務正確實現各類 POSIX 元數據操作,是 Meta Service 中最重要的問題。但 POSIX 元數據操作有很多種,窮舉說明會導致文章篇幅過長。本章節我們從這些操作中抽取了幾種比較有代表性的常見操作來展開說明。

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三、結語

本文帶著讀者深入到了 3FS 系統內部去了解其各個組成部分的關鍵設計。在這個過程中,我們可以看到 3FS 的很多設計都經過了深思熟慮,不可否認這是一個設計優秀的作品。但是,我們也注意到這些設計和目前文件存儲領域的一些主流做法存在差異。

本文是系列文章的上篇,在下篇文章中我們將進一步將 3FS 和業界的一些知名的文件系統進行對比,希望能夠從整個文件存儲領域的角度為讀者分析清楚 3FS 的優點和局限性,并總結出我們從 3FS 得到的啟示,以及我們是如何看待這些啟示的。

責任編輯:武曉燕 來源: 51CTO技術棧
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