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記一次 Kubernetes 機器內核問題排查

開發 前端
在線上環境中的某個應用出現了接口緩慢的問題!就憑這個現象,能列出來的原因數不勝數。本篇博客主要敘述一下幾次排查以及最后如何確定原因的過程,可能不一定適用于其他集群,就當是提供一個參考吧。排查過程比較冗長,過去太久了,我也不太可能回憶出所有細節,希望大家見諒。

此次排查發生在 2020-11 月份,一直沒時間寫博客描述事情經過,本次正好一起寫了吧。

具體現象

在線上環境中的某個應用出現了接口緩慢的問題!

就憑這個現象,能列出來的原因數不勝數。本篇博客主要敘述一下幾次排查以及最后如何確定原因的過程,可能不一定適用于其他集群,就當是提供一個參考吧。排查過程比較冗長,過去太久了,我也不太可能回憶出所有細節,希望大家見諒。

網絡拓撲結構

網絡請求流入集群時,對于我們集群的結構:

  1. 用戶請求=> Nginx => Ingress => uwsgi 

不要問為什么有了 Ingress 還有 Nginx,這是歷史原因,有些工作暫時需要由 Nginx 承擔。

初次定位

請求變慢一般馬上就會考慮,程序是不是變慢了,所以在發現問題后,首先在 uwsgi 中增加簡單的小接口,這個接口是處理快并且馬上返回數據,然后定時請求該接口。在運行幾天之后,確認到該接口的訪問速度也很慢,排除程序中的問題,準備在鏈路中查找原因。

再次定位 – 簡單的全鏈路數據統計

由于我們的 Nginx 有 2 層,需要針對它們分別確認,看看究竟是哪一層慢了。請求量是比較大的,如果針對每個請求去查看,效率不高,而且有可能掩蓋真正原因,所以這個過程采用統計的方式。統計的方式是分別查看兩層 Nginx 的日志情況。由于我們已經在 ELK 上接入了日志,ELK 中篩選數據的腳本簡單如下:

  1. "bool": { 
  2. "must": [ 
  3.   { 
  4.     "match_all": {} 
  5.   }, 
  6.   { 
  7.     "match_phrase": { 
  8.       "app_name": { 
  9.         "query""xxxx" 
  10.       } 
  11.     } 
  12.   }, 
  13.   { 
  14.     "match_phrase": { 
  15.       "path": { 
  16.         "query""/app/v1/user/ping" 
  17.       } 
  18.     } 
  19.   }, 
  20.   { 
  21.     "range": { 
  22.       "request_time": { 
  23.         "gte": 1, 
  24.         "lt": 10 
  25.       } 
  26.     } 
  27.   }, 
  28.   { 
  29.     "range": { 
  30.       "@timestamp": { 
  31.         "gt""2020-11-09 00:00:00"
  32.         "lte""2020-11-12 00:00:00"
  33.         "format""yyyy-MM-dd HH:mm:ss"
  34.         "time_zone""+08:00" 
  35.       } 
  36.     } 
  37.   } 
  38. }  

數據處理方案

根據 trace_id 可以獲取到 Nignx 日志以及 Ingress 日志,通過 ELK 的 API 獲得。

 

  1. # 這個數據結構用來記錄統計結果, 
  2. # [[0, 0.1], 3]表示落在 0~0.1 區間的有 3 條記錄 
  3. # 因為小數的比較和區間比較麻煩,所以采用整數,這里的 0~35 其實是 0~3.5s 區間 
  4. # ingress_cal_map = [ 
  5. #     [[0, 0.1], 0], 
  6. #     [[0.1, 0.2], 0], 
  7. #     [[0.2, 0.3], 0], 
  8. #     [[0.3, 0.4], 0], 
  9. #     [[0.4, 0.5], 0], 
  10. #     [[0.5, 1], 0], 
  11. # ] 
  12. ingress_cal_map = [] 
  13. for x in range(0, 35, 1): 
  14. ingress_cal_map.append( 
  15.     [[x, (x+1)], 0] 
  16. nginx_cal_map = copy.deepcopy(ingress_cal_map) 
  17. nginx_ingress_gap = copy.deepcopy(ingress_cal_map) 
  18. ingress_upstream_gap = copy.deepcopy(ingress_cal_map) 
  19.  
  20.  
  21. def trace_statisics(): 
  22. trace_ids = [] 
  23. # 這里的 trace_id 是提前查找過,那些響應時間比較久的請求所對應的 trace_id 
  24. with open(trace_id_file) as f: 
  25.     data = f.readlines() 
  26.     for d in data: 
  27.         trace_ids.append(d.strip()) 
  28.  
  29. cnt = 0 
  30. for trace_id in trace_ids: 
  31.     try: 
  32.         access_data, ingress_data = get_igor_trace(trace_id) 
  33.     except TypeError as e: 
  34.         # 繼續嘗試一次 
  35.         try: 
  36.             access_data, ingress_data = get_igor_trace.force_refresh(trace_id) 
  37.         except TypeError as e: 
  38.             print("Can't process trace {}: {}".format(trace_id, e)) 
  39.             continue 
  40.     if access_data['path'] != "/app/v1/user/ping":  # 過濾臟數據 
  41.         continue 
  42.     if 'request_time' not in ingress_data: 
  43.         continue 
  44.  
  45.     def get_int_num(data):  # 數據統一做 *10 處理 
  46.         return int(float(data) * 10) 
  47.  
  48.     # 針對每個區間段進行數據統計,可能有點羅嗦和重復,我當時做統計夠用了 
  49.     ingress_req_time = get_int_num(ingress_data['request_time']) 
  50.     ingress_upstream_time = get_int_num(ingress_data['upstream_response_time']) 
  51.     for cal in ingress_cal_map: 
  52.         if ingress_req_time >= cal[0][0] and ingress_req_time < cal[0][1]: 
  53.             cal[1] += 1 
  54.             break 
  55.  
  56.     nginx_req_time = get_int_num(access_data['request_time']) 
  57.     for cal in nginx_cal_map: 
  58.         if nginx_req_time >= cal[0][0] and nginx_req_time < cal[0][1]: 
  59.             cal[1] += 1 
  60.             break 
  61.  
  62.     gap = nginx_req_time - ingress_req_time 
  63.     for cal in nginx_ingress_gap: 
  64.         if gap >= cal[0][0] and gap <= cal[0][1]: 
  65.             cal[1] += 1 
  66.             break 
  67.  
  68.     gap = ingress_req_time - ingress_upstream_time 
  69.     for cal in ingress_upstream_gap: 
  70.         if gap >= cal[0][0] and gap <= cal[0][1]: 
  71.             cal[1] += 1 
  72.             break  

我分別針對 request_time(Nginx),request_time(Ingress)以及 requet_time(nginx) - request_time(Ingress)做了統計。

最后的統計結果大概如下:

 

 

結果分析

我們總共有約 3000 條數據!

圖一:超過半數的請求落在 1 ~ 1.1s 區間,1s ~ 2s 的請求比較均勻,之后越來越少了。

圖二:大約 1/4 的請求其實已經在 0.1s 內返回了,但是 1 ~ 1.1s 也有 1/4 的請求落上去了,隨后的結果與圖一類似。

從圖 1 圖 2 結合來看,部分請求在 Ingress 側處理的時間其實比較短的。

圖三:比較明顯了,2/3 的請求在響應時間方面能夠保持一致,1/3 的請求會有 1s 左右的延遲。

小結

從統計結果來看,Nginx => Ingress 以及 Ingress => upstream,都存在不同程度的延遲,超過 1s 的應用,大約有 2/3 的延遲來自 Ingress => upstream,1/3 的延遲來自 Nginx => Ingress。

再深入調查 - 抓包處理

抓包調查主要針對 Ingress => uwsgi,由于數據包延遲的情況只是偶發性現象,所以需要抓取所有的數據包再進行過濾……這是一條請求時間較長的數據,本身這個接口返回應該很快。

 

  1. "_source": { 
  2. "INDEX""51"
  3. "path""/app/v1/media/"
  4. "referer"""
  5. "user_agent""okhttp/4.8.1"
  6. "upstream_connect_time""1.288"
  7. "upstream_response_time""1.400"
  8. "TIMESTAMP""1605776490465"
  9. "request""POST /app/v1/media/ HTTP/1.0"
  10. "status""200"
  11. "proxy_upstream_name""default-prod-XXX-80"
  12. "response_size""68"
  13. "client_ip""XXXXX"
  14. "upstream_addr""172.32.18.194:6000"
  15. "request_size""1661"
  16. "@source""XXXX"
  17. "domain""XXX"
  18. "upstream_status""200"
  19. "@version""1"
  20. "request_time""1.403"
  21. "protocol""HTTP/1.0"
  22. "tags": ["_dateparsefailure"], 
  23. "@timestamp""2020-11-19T09:01:29.000Z"
  24. "request_method""POST"
  25. "trace_id""87bad3cf9d184df0:87bad3cf9d184df0:0:1" 
  26. }  

Ingress 側數據包

uwsgi 側數據包

數據包流轉情況

回顧一下 TCP 三次握手:

首先從 Ingress 側查看,連接在 21.585446 開始,22.588023 時,進行了數據包重新發送的操作。

從 Node 側查看,Node 在 Ingress 數據包發出后不久馬上就收到了 syn,也立刻進行了 syn 的返回,但是不知為何 1s 后才出現在 Ingress 處。

 

有一點比較令人在意,即便是數據包發生了重傳,但是也沒有出現丟包的問題,從兩臺機器數據包的流轉來看,此次請求中,大部分的時間是因為數據包的延遲到達造成的,重傳只是表面現象,真正的問題是發生了數據包的延遲。

不止是 ACK 數據包發生了延遲

從隨機抓包的情況來看,不止是 SYN ACK 發生了重傳:

有些 FIN ACK 也會,數據包的延遲是有概率的行為!

小結

單單看這個抓包可能只能確認是發生了丟包,但是如果結合 Ingress 與 Nginx 的日志請求來看,如果丟包發生在 TCP 連接階段,那么在 Ingress 中,我們就可以查看 upstream_connect_time 這個值來大致估計下超時情況。當時是這么整理的記錄:

我初步猜測這部分時間主要消耗在了 TCP 連接建立時,因為建立連接的操作在兩次 Nginx 轉發時都存在,而我們的鏈路全部使用了短連接,下一步我準備增加 $upstream_connect_time 變量,記錄建立連接花費的時間。http://nginx.org/en/docs/http/ ... .html

后續工作

既然可以了解到 TCP 連接的建立時間比較久,我們可以用它來作為一個衡量指標,我把 wrk 也修改了下,增加了對于連接時間的測量,具體的PR見這里,我們可以利用這一項指標衡量后端的服務情況。

尋找大佬,看看是否遇到類似問題

上面的工作前前后后我進行了幾次,也沒有什么頭緒,遂找到公司的其他 Kubernetes 大佬咨詢問題,大佬提供了一個思路:

宿主機延遲也高的話,那就暫時排除宿主機到容器這條路徑。我們這邊此前排查過一個延遲問題, 是由于 Kubernetes 的監控工具定期 cat proc 系統下的 cgroup 統計信息, 但由于 Docker 頻繁銷毀重建以及內核 cache 機制,使得每次 cat 時間很長占用內核導致網絡延遲, 可否排查一下你們的宿主機是否有類似情形? 不一定是 cgroup,其他需要頻繁陷入到內核的操作都可能導致延遲很高。

這個跟我們排查的 cgroup 太像了,宿主機上有一些周期性任務,隨著執行次數增多,占用的內核資源越來越多,達到一定程度就影響了網絡延遲。

大佬們也提供了一個內核檢查工具(可以追蹤和定位中斷或者軟中斷關閉的時間):https://github.com/bytedance/trace-irqoff

有問題的 Ingress 機器的 latency 特別多,好多都是這樣的報錯,其他機器沒有這個日志:

 

而后,我針對機器中的 kubelet 進行了一次追蹤,從火焰圖中可以確認,大量的時間耗費在了讀取內核信息中。

其中具體的代碼如下:

小結

根據大佬所給的方向,基本能夠確定問題發生的真正原因:機器上定時任務的執行過多,內核緩存一直增加,導致內核速度變慢了。它一變慢,引發了 TCP 握手時間變長,最后造成用戶體驗下降。既然發現了問題,解決方案也比較容易搜索到了,增加任務,檢查內核是否變慢,慢了的話就清理一次:

sync && echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches

總結

這次的排查過程是由于應用層出現了影響用戶體驗的問題后,進一步延伸到了網絡層,其中經歷了漫長的抓包過程,也增加了自己的腳本用于指標衡量,隨后又通過內核工具定位到了具體應用,最后再根據應用的 pprof 工具制作出的火焰圖定位到了更加精確的異常位置,期間自己一個人沒法處理問題,遂請其他大佬來幫忙,大佬們見多識廣,可以給出一些可能性的猜想,還是很有幫助的。

當你發現某臺機器無論做什么都慢,而 CPU 和內核卻不是瓶頸的時候,那有可能是內核慢了。

希望本文能對大家未來排查集群問題時有所幫助。

責任編輯:未麗燕 來源: Dockone.io
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