圖 0

不同種類細(xì)胞中基因組構(gòu)象的差異決定了基因表達(dá)的特異性，進(jìn)而決定不同細(xì)胞類型的功能差異。長久以來，從原位雜交到高通量檢測如 Hi-C、micro-C 技術(shù)，基因組構(gòu)象檢測的實驗方法通常耗時耗力、成本高昂且有很強(qiáng)的技術(shù)局限性。這些方法極大地限制了這些實驗技術(shù)在基因組構(gòu)象研究領(lǐng)域的廣泛應(yīng)用，尤其是研究稀有細(xì)胞類型以及需要大規(guī)模驗證基因組構(gòu)象調(diào)控的因果關(guān)系等方面。這些方法的局限性也長期限制三維基因組構(gòu)象調(diào)控領(lǐng)域里的新發(fā)現(xiàn)。

圖 1

2023 年 1 月 9 日，紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)院（NYU Grossman School of Medicine）Aristotelis Tsirigos 實驗室和博德研究所（Broad Institute of MIT and Harvard）夏波實驗室合作在 Nature Biotechnology 上發(fā)表文章《Cell type-specific prediction of 3D chromatin organization enables high-throughput in silico genetic screening》。

論文地址：https://www.nature.com/articles/s41587-022-01612-8

這項研究中，第一作者紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)院博士生譚濟(jì)民與夏波博士首先提出了新型多模態(tài)機(jī)器學(xué)習(xí)模型 C.Origami 來預(yù)測特定細(xì)胞類型的染色質(zhì)構(gòu)象，并基于遺傳篩選的原理提出了全新的高通量計算遺傳篩選 (in silico genetic screening, ISGS) 方法，用以鑒定細(xì)胞類型特異性的功能基因組元件，助力發(fā)現(xiàn)新的染色質(zhì)構(gòu)象調(diào)控機(jī)理。

圖 2

研究者首先構(gòu)建了應(yīng)用于基因組數(shù)據(jù)的新型多模態(tài)深度學(xué)習(xí)框架，Origami，使其能有效地整合 DNA 序列信息以及細(xì)胞特異性的功能基因組信息，進(jìn)而預(yù)測新的基因組信息。通過反復(fù)調(diào)試及模型訓(xùn)練，研究者發(fā)現(xiàn)整合 DNA 序列、CTCF 結(jié)合狀態(tài)（CTCF ChIP-seq）、及 ATAC-seq 信號作為輸入信息可以準(zhǔn)確地預(yù)測染色質(zhì)構(gòu)象，并以二維的 Hi-C 矩陣作為預(yù)測輸出目標(biāo)（圖 1-2）。輸入信息為 2 百萬堿基對的 DNA，CTCF ChIP-seq 和 ATAC-seq。研究者們使用 Onehot-encoding 來編碼離散的 DNA 序列，而 CTCF ChIP-seq 和 ATAC-seq 則編碼成非離散的特征。

C.Origami 模型分為三個部分，處理并壓縮 DNA 及基因組信息的編碼器，Transformer 中間層和輸出 Hi-C 解碼器。其中編碼器由一系列 1D ResNet 和 strided convolution 構(gòu)成用來編碼和壓縮 2 百萬堿基對的輸入信息。在編碼器末端 2 百萬長度的信息被壓縮為 256 長度并作為 Transformer 的輸入信息。Transformer 的自注意力機(jī)制可以處理不同基因組區(qū)域間的 interdependency 并提升了模型的綜合性能。Transformer 中的注意力矩陣還可以增強(qiáng)模型的可解釋性。研究者們將注意力權(quán)重轉(zhuǎn)換成了 “attention score ”，用來衡量模型在預(yù)測時對于不同區(qū)域的側(cè)重。最后，研究者們將 Transformer 模塊的 1D 輸出用 “outer concatenation” 的方式轉(zhuǎn)換成了 2D 的 contact/adjacency matrix，用作 Hi-C 解碼器的輸入信息。解碼器是一個 Dilated 2D ResNet。研究者們調(diào)整了不同層的 dilation factor 使得最后層的每一個像素位置的 receptive field 都能覆蓋所有輸入信息。

這一預(yù)測染色質(zhì)構(gòu)象的模型則被稱為 C.Origami。研究者稱 C.Origami 是基因組學(xué)中第一個多模態(tài)深度學(xué)習(xí)模型。由于它多模態(tài)的特性，C.Origami 能夠準(zhǔn)確地預(yù)測（de novo prediction）從未接觸過的新細(xì)胞類型的染色質(zhì)構(gòu)象。例如，在 IMR-90 細(xì)胞（肺成纖維細(xì)胞）上訓(xùn)練的模型能夠準(zhǔn)確預(yù)測出 GM12878 細(xì)胞（B 淋巴細(xì)胞）里特定的染色質(zhì)構(gòu)象（圖 3）。

圖 3

結(jié)構(gòu)變異（structural variant）---- 比如染色體易位 ---- 在腫瘤中非常常見，并經(jīng)常改變?nèi)旧|(zhì)相互作用模式，進(jìn)而可能影響癌基因或抑癌基因的表達(dá)。研究這些結(jié)構(gòu)變異對染色質(zhì)構(gòu)象及基因表達(dá)的影響對理解腫瘤發(fā)生和進(jìn)展的機(jī)理有重要作用。這類研究通常需要借助 4C-seq 或 Hi-C 等實驗來分析結(jié)構(gòu)變異位點的染色質(zhì)構(gòu)象，但又往往受限于資源和時間的限制，難以大規(guī)模開展。

這項研究中，C.Origami 可以在輸入變量中模擬 DNA 序列的變異，然后預(yù)測變異后的癌癥基因組中新的染色質(zhì)相互作用。之前的研究發(fā)現(xiàn) T 細(xì)胞急性淋巴細(xì)胞白血?。═-ALL）細(xì)胞模型 CUTLL1 有一個 chr7-chr9 的染色體易位（圖 4）。通過計算模擬染色體易位變異，C.Origami 準(zhǔn)確預(yù)測了在變異位點的新 TAD 結(jié)構(gòu)，并檢測到從 chr9 延伸到 chr7 的‘互動束’（chromatin stripe）結(jié)構(gòu)（圖 4）。

圖 4

鑒于 C.Origami 的精準(zhǔn)預(yù)測效果，并受到反向遺傳篩選原理的啟發(fā)，研究者提出了全新的高通量計算遺傳篩選 (in silico genetic screening，ISGS) 方法，用以系統(tǒng)鑒定細(xì)胞類型特異性的功能基因組元件，并助力發(fā)現(xiàn)新的染色調(diào)控分子（圖 5）。研究者們基于 C.Origami 模型開發(fā)了用于系統(tǒng)性鑒定染色質(zhì)構(gòu)象所需的順式調(diào)控元件（cis-regulatory element）的計算遺傳篩選 ISGS 的框架。通過對全基因組 1kb 分辨率的 ISGS，作者分離出對染色質(zhì)構(gòu)象有重要影響的順式調(diào)控元件（占約 1% 的基因組）。這些染色質(zhì)構(gòu)象調(diào)控序列呈現(xiàn)出對 CTCF 結(jié)合和 ATAC-seq 信號的不同依賴度（圖 5）。

圖 5

ISGS 框架可以對細(xì)胞或疾病特異性的染色質(zhì)構(gòu)象進(jìn)行高通量篩選。研究者在 CUTLL1、Jurkat 和正常 T 細(xì)胞中分別進(jìn)行了 ISGS，并發(fā)現(xiàn)了一個在 CHD4 基因附近的順式調(diào)控元件 (CHD4-insu) 在 T-ALL 細(xì)胞里特異性丟失。篩選結(jié)果表明，T-ALL 細(xì)胞中 CHD4-insu 的絕緣性缺失可能使 CHD4 基因建立新的染色質(zhì)相互作用，進(jìn)而上調(diào) CHD4 表達(dá)并促進(jìn)白血病細(xì)胞增殖。

ISGS 也可以用來系統(tǒng)地發(fā)現(xiàn)調(diào)控染色質(zhì)構(gòu)象的新型反式作用因子（trans-acting factors）。通過對細(xì)胞類型特異性的重要調(diào)控序列與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合部位的富集分析，研究者確定了有助于細(xì)胞類型特異的基因組構(gòu)象的調(diào)控因子。有意思的是，之前研究發(fā)現(xiàn) MAZ 可能與 CTCF 一起調(diào)控染色質(zhì)構(gòu)象。通過 ISGS 及轉(zhuǎn)錄因子富集分析，作者發(fā)現(xiàn) MAZ 極大地富集于開放染色質(zhì)區(qū)域，而在 CTCF 結(jié)合的非開放染色質(zhì)區(qū)域僅顯示微弱結(jié)合。這一結(jié)果預(yù)示 MAZ 可能獨立于 CTCF 調(diào)節(jié)基因組構(gòu)象。

研究者們在染色質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測中看到了結(jié)合 DNA 序列與染色質(zhì)信息的多模態(tài)機(jī)器學(xué)習(xí)模型的巨大潛力。而該模型的底層多模態(tài)架構(gòu) Origami 可以推廣到其他基因組學(xué)數(shù)據(jù)的應(yīng)用，例如表觀遺傳修飾、基因表達(dá)、突變功能性篩查等。研究者預(yù)測，未來的基因組學(xué)研究將更多的轉(zhuǎn)向使用利用深度學(xué)習(xí)模型作為工具來進(jìn)行主要計算遺傳篩選，并輔以生物實驗驗證的新一代高通量研究方法。

這項研究中，紐約大學(xué)醫(yī)學(xué)院博士研究生譚濟(jì)民為第一作者，Aristotelis Tsirigos 博士和夏波博士為共同通訊作者。這項研究起始于 2020 年 10 月疫情封控期間夏波與譚濟(jì)民的頭腦風(fēng)暴，歷經(jīng)兩年半的完善與打磨，在 2023 年一月于 Nature Biotechnology 正式刊出。 

此項目的代碼和訓(xùn)練數(shù)據(jù)已在GitHub和Zenodo上開源，并配有Google Colab做功能展示。

項目地址：https://github.com/tanjimin/C.Origami

通訊作者

夏波博士實驗室（Broad Institute of MIT and Harvard）主頁：www.boxialab.org

夏波博士致力于解析調(diào)控基因組三維構(gòu)象的核心機(jī)理及其對人類疾病、發(fā)育及進(jìn)化的生物學(xué)意義。夏波實驗室歡迎志同道合的博士后加入團(tuán)隊。

Tsirigos Lab（New York University Grossman School of Medicine）主頁：http://www.tsirigos.com

Tsirigos Lab 的主要研究方向包括染色質(zhì)，表觀遺傳學(xué)和機(jī)器學(xué)習(xí)在精準(zhǔn)醫(yī)療中的應(yīng)用。